ESTUDIO DE ASOCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO (GWAS) CON TAMAÑO DE CAMADA, EFICIENCIA REPRODUCTIVA EN CERDAS Y RESPUESTA A LA SELECCIÓN MOLECULAR ASISTIDA EN DOS POBLACIONES

Abstract

El fin del presente estudio fue la identificación y la asociaron de SNPs con parámetros de tamaño de camada y eficiencia reproductiva en cerdas empleando estudios de asociación del genoma completo (GWAS-SNPs), comparar la respuesta a la selección tradicional y asistida molecularmente (MAS) en dos poblaciones. Se realizó un análisis de genoma completo para identificar los genes candidatos asociados con los rasgos de: número total de nacidos vivos, número de lechones destetados, peso de la camada ajustado a los 21 días e índice de valor reproductivo en cerdas de línea Landrace-Yorkshire. Se muestrearon 48 cerdas con el fin de identificar diferencias del genoma, separándolas en dos grupos, cerdas con parámetros de producción altos y bajos. Para analizar los genomas de estas dos poblaciones se utilizó el microarreglo para cerdos de la marca Illumina, modelo PorcineSNP60 BeadChip. Después de un control de calidad, se usaron 53,087 SNPs. En este estudio se realizaron cinco fases de análisis de datos GWAS. El primero con 48 muestras en dos poblaciones, obteniéndose 24 SNPs de importancia estadística baja. En un segundo análisis se utilizaron las mejores 36 muestras en las dos poblaciones, mejorándose el número de SNPs con valor significativo de 214 polimorfismos encontrados, posteriormente se realizaron los análisis para cada población individualmente. En la población 1, se identificaron 411 SNPs significativos con valor de probabilidad de 1x10-5 a 1x10-9. El análisis de la población 2 no arrojó ninguna información relevante, por lo que se excluyeron sus datos en los análisis posteriores. A través de un análisis de conglomerados con estudios de regresión son comparados los promedios entre madres e hijas para encontrar mejoría entre los grupos, se diseñó un panel de los SNPs asociados a tamaño de la camada y eficiencia reproductiva utilizando PCR-RFLP para genotipar, se eligieron 7 SNPs candidatos, y de ellos se genotipificó para dos polimorfismos, uno en el ABCC1 y otro en ATP6V0A4. Para el gen ABCC1 pudo observarse un incremento en el valor de los parámetros de TNV, LD y VRDC en los genotipos con presencia del alelo A, con excepción del número de lechones destetados en el grupo de las cerdas madres. Los dos SNPs de los genes estudiados los parámetros de las cerdas hijas fueron inferiores a los de sus madres, frente a las medias de la población presentaron una mejoría. En este estudio se logró identificar y asociar SNPs en los rasgos de TNV, LD y VRDC en cerdas empleando estudios de GWAS-SNPs, al comparar la respuesta a la selección tradicional y MAS en dos poblaciones.