Repositorio Institucional Aramara

ESTUDIO DE ASOCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO (GWAS) CON TAMAÑO DE CAMADA, EFICIENCIA REPRODUCTIVA EN CERDAS Y RESPUESTA A LA SELECCIÓN MOLECULAR ASISTIDA EN DOS POBLACIONES

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dc.contributor.advisor LEMUS FLORES, CLEMENTE
dc.contributor.author DUIFHUIS RIVERA, THEODOR
dc.creator 397310, 15860 es_ES
dc.date.accessioned 2020-06-10T21:42:01Z
dc.date.available 2020-06-10T21:42:01Z
dc.date.issued 2019-11
dc.identifier.uri http://dspace.uan.mx:8080/jspui/handle/123456789/2284
dc.description The purpose of the present study was the identification and association of SNPs with litter size and reproductive efficiency parameters in sows using Genome-wide association studies (GWAS-SNPs), comparing the response to traditional and molecularly assisted selection (MAS) in two populations. I know performed a complete genome analysis to identify candidate genes associated with the traits of: total number of live births, number of piglets weaned, litter weight adjusted to 21 days and reproductive value index in Landrace-Yorkshire line sows. 48 sows were sampled in order to identify differences in the genome, separating them into two groups, sows with high and low production parameters. To analyze the genomes of these two populations, the microarray was used for pigs of the Illumina brand, model PorcineSNP60 BeadChip. After quality control, 53,087 were used SNPs. Five phases of GWAS data analysis were performed in this study. The first with 48 samples in two populations, obtaining 24 SNPs of importance low statistic. In a second analysis, the best 36 samples were used in the two populations, improving the number of SNPs with a significant value of 214 polymorphisms found, subsequently analyzes were performed for each population individually. In population 1, 411 SNPs were identified significant with probability value of 1x10-5 to 1x10-9. Population analysis 2 did not provide any relevant information, so their data was excluded in the subsequent analysis. Through a cluster analysis with studies of regression the averages between mothers and daughters are compared to find improvement between the groups, a panel of SNPs associated with size of the litter and reproductive efficiency using PCR-RFLP to genotype, were chosen 7 candidate SNPs, and of them genotyped for two polymorphisms, one in the ABCC1 and one in ATP6V0A4. For the ABCC1 gene, an increase could be observed in the value of the parameters of TNV, LD and VRDC in the genotypes with presence of allele A, with the exception of the number of piglets weaned in the group of mother sows. The two SNPs of the genes studied the parameters of the sows daughters were lower than their mothers, compared to population averages showed improvement. In this study, it was possible to identify and associate SNPs in traits of TNV, LD and VRDC in sows using GWAS-SNPs studies, Compare the response to traditional selection and MAS in two populations. es_ES
dc.description.abstract El fin del presente estudio fue la identificación y la asociaron de SNPs con parámetros de tamaño de camada y eficiencia reproductiva en cerdas empleando estudios de asociación del genoma completo (GWAS-SNPs), comparar la respuesta a la selección tradicional y asistida molecularmente (MAS) en dos poblaciones. Se realizó un análisis de genoma completo para identificar los genes candidatos asociados con los rasgos de: número total de nacidos vivos, número de lechones destetados, peso de la camada ajustado a los 21 días e índice de valor reproductivo en cerdas de línea Landrace-Yorkshire. Se muestrearon 48 cerdas con el fin de identificar diferencias del genoma, separándolas en dos grupos, cerdas con parámetros de producción altos y bajos. Para analizar los genomas de estas dos poblaciones se utilizó el microarreglo para cerdos de la marca Illumina, modelo PorcineSNP60 BeadChip. Después de un control de calidad, se usaron 53,087 SNPs. En este estudio se realizaron cinco fases de análisis de datos GWAS. El primero con 48 muestras en dos poblaciones, obteniéndose 24 SNPs de importancia estadística baja. En un segundo análisis se utilizaron las mejores 36 muestras en las dos poblaciones, mejorándose el número de SNPs con valor significativo de 214 polimorfismos encontrados, posteriormente se realizaron los análisis para cada población individualmente. En la población 1, se identificaron 411 SNPs significativos con valor de probabilidad de 1x10-5 a 1x10-9. El análisis de la población 2 no arrojó ninguna información relevante, por lo que se excluyeron sus datos en los análisis posteriores. A través de un análisis de conglomerados con estudios de regresión son comparados los promedios entre madres e hijas para encontrar mejoría entre los grupos, se diseñó un panel de los SNPs asociados a tamaño de la camada y eficiencia reproductiva utilizando PCR-RFLP para genotipar, se eligieron 7 SNPs candidatos, y de ellos se genotipificó para dos polimorfismos, uno en el ABCC1 y otro en ATP6V0A4. Para el gen ABCC1 pudo observarse un incremento en el valor de los parámetros de TNV, LD y VRDC en los genotipos con presencia del alelo A, con excepción del número de lechones destetados en el grupo de las cerdas madres. Los dos SNPs de los genes estudiados los parámetros de las cerdas hijas fueron inferiores a los de sus madres, frente a las medias de la población presentaron una mejoría. En este estudio se logró identificar y asociar SNPs en los rasgos de TNV, LD y VRDC en cerdas empleando estudios de GWAS-SNPs, al comparar la respuesta a la selección tradicional y MAS en dos poblaciones. es_ES
dc.language.iso spa es_ES
dc.publisher Universidad Autónoma de Nayarit es_ES
dc.relation.uri Público en general es_ES
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess es_ES
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/cc-by-nc-sa es_ES
dc.subject Genoma, Reproductiva, Molecular, Poblaciones es_ES
dc.subject.classification CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA [6] es_ES
dc.title ESTUDIO DE ASOCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO (GWAS) CON TAMAÑO DE CAMADA, EFICIENCIA REPRODUCTIVA EN CERDAS Y RESPUESTA A LA SELECCIÓN MOLECULAR ASISTIDA EN DOS POBLACIONES es_ES
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis es_ES


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