Repositorio Institucional Aramara

ANALISIS DE DIVERSIDAD GENETICA DE 64 VARIEDADES DE JAMAICA (HIBISCUS SABDARIFFA L.) MEDIANTE MARCADORES MOLECULARES

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dc.contributor.advisor SANCHEZ HERRERA, LETICIA MONICA
dc.contributor.author RUBIO MELGAREJO, ALEJANDRO
dc.creator 585312 es_ES
dc.date.accessioned 2019-03-21T19:05:44Z
dc.date.available 2019-03-21T19:05:44Z
dc.date.issued 2016-09
dc.identifier.uri http://dspace.uan.mx:8080/jspui/handle/123456789/1369
dc.description The Jamaican crop (Hibiscus sabdariffa L.) is originally from Africa, belongs to the Malvaceae family. In our country, it is cultivated in 15 states of the Republic. The genetic diversity present in the varieties currently used is given mainly by natural crosses and selection, however, there is a gap in varietal identification, studies on diversity and genetic structure of them. Although there are some international studies, the number of samples used has been limited or have focused on other species of Hibiscus. For this reason, it is necessary to estimate the genetic diversity of Jamaican varieties at both morphological and molecular levels. The objective of the present work was to estimate, through the use of molecular markers, the levels of genetic diversity present in 64 accessions from Jamaica (Hibiscus sabdariffa L.). 64 accessions originating from Nayarit, Guerrero, Colima and Puebla were included. Genomic DNA was obtained from lyophilized foliar tissue using the modified CTAB method. For the molecular analysis the combinations of primers derived from Cytochrome P450, CYP2B6F/CYP1A1 R, CYP1A1F/CYP2B6R, CYP1A1F/CYP2C19R, CYP2C19F/CYP2C19R, CYP2B6F/CYP2B6R and CYP2B6F/CYP2C19R were used, In addition, five combinations of AFLPs were amplified which were highly informative Eco RI + AAG/Mse I + CAC, Eco RI + ACG/Mse I + CAAG, Eco RI + AAG/Mse 1+ CAG, Eco RI+ ACG/Mse I +CAGC and Eco RI + AAG/Mse I + CGC. The amplified fragments were displayed in polyacrylamide gels (8%). The basic parameters of genetic diversity and the analysis of main coordinates (PCoA) were performed with GenAlEx 6.5 software. The phonogram was constructed with the genetic distance matrix using the Neighbor-Joining (N-J) methodology, with the Mega 5.2 software. The results of the combinations of CYP450 indicated 82.65% polymorphism and 0.403 of total expected heterozygosity, the latter being considered as moderate to high, compared with other results previously reported (0.305, using AFLP-s markers). Through the PCoA 74.76% of the genetic variation was explained, while in the N-J phenogram the Jamaican samples were separated into three main groups and each one with two subgroups and subdivisions. This last analysis clearly separated the progenitors that originated the Nayarit materials, placing them at the opposite ends of the phonogram, while the rest of the materials showed no trend in clustering. In the case of AFLPs, 86.57% polymorphism was observed, with an average of 32.4 polymorphic loci per combination of markers. The genetic diversity of (Nei) was 0.310, values similar to those reported in other studies (0.305, also with AFLPs markers). It was established that there are no duplicate genotypes in the collection, however, there is a high degree of kinship in the materials according to the dispersion of the phenotype. es_ES
dc.description.abstract El cultivo de Jamaica (Hibiscus sabdariffa L.) es originaria de África, pertenece ala familia Malvaceae. En nuestro país, es cultivada en 15 estados de la República. La diversidad genética presente en las variedades actualmente utilizadas esta dada principalmente por cruzamientos naturales y selección; no obstante, existe un vació en la identificación varietal, estudios sobre diversidad y estructura genética de las mismas. Aunque existen algunos estudios a nivel internacional, el numero de muestras utilizado ha sido limitado o se han enfocado en otras especies de Hibiscus. Por tal motivo, es necesario estimar la diversidad genética de las variedades de Jamaica tanto a nivel morfológico como molecular. El objetivo del presente trabajo fue estimar mediante el uso de marcadores moleculares, los niveles de diversidad genética presentes en 64 accesión es de Jamaica (Hibiscus sabdariffa L.).Se incluyeron 64 accesiones originarias de Nayarit, Guerrero, Colima y Puebla. El DNA genomico se obtuvo a partir de tejido foliar liofilizado mediante el método de CTAB modificado. Para el análisis molecular se utilizaron las combinaciones de primers derivados del Citocromo P450, CYP2B6F/CYP1A1 R, CYP1A1F/CYP2B6R, CYP1A1F/CYP2C19R, CYP2C19F/CYP2C19R, CYP2B6F/CYP2B6R Y CYP2B6F/CYP2C19R, además se amplificaron cinco combinaciones de AFLPs las cuales fueron altamente informativas Eco RI + AAG/Mse I + CAC, Eco RI + ACG/Mse I + CAAG, Eco RI + AAG/Mse 1+ CAG, Eco RI+ ACG/Mse I +CAGC y Eco RI + AAG/Mse I + CGC. Los fragmentos amplificados se visualizaron en geles de poliacrilamida (8%). Los parámetros básicos de diversidad genética y el análisis de coordenadas principales (PCoA) fueron realizados con el software GenAlEx 6.5. El fonograma se construyó con la matriz de distancias genéticas empleando la metodología de Neighbor-Joining (N-J), con el software Mega 5.2. Los resultados de las combinaciones del CYP450 indicaron 82.65% de polimorfismo y 0.403 de heterocigosidad esperada total, siendo esta ultima considera como moderada a alta, en comparación con otros resultados reportados previamente (0.305, empleando marcadores AFLP·s). A través del PCoA se explicó el 74.76% de la variación genética, mientras que en el fenograma N-J las muestras de Jamaica fueron separadas en tres grupos principales y cada uno con dos subgrupos y subdivisiones. Este último análisis separo claramente los progenitores que dieron origen a los materiales de Nayarit, ubicándolos en los extremos opuestos del fonograma, mientras que el resto de los materiales no mostraron ninguna tendencia en la agrupación. En el caso de los AFLPs se observó un 86.57 % de polimorfismo, con un promedio de 32.4 loci polimorficos por combinación de marcadores, la diversidad genética de (Nei) fue de 0.310, valores similares a los reportados en otros estudios (0.305, también con marcadores AFLPs). Se estableció que no hay genotipos duplicados en la colección, sin embargo, existe un grado de parentesco elevado en los materiales de acuerdo a la dispersión del fenograma. es_ES
dc.language.iso spa es_ES
dc.publisher Universidad Autónoma de Nayarit es_ES
dc.relation.ispartof CONACYT
dc.relation.uri Público en general es_ES
dc.rights info:eu-repo/semantics/openAccess es_ES
dc.rights.uri http://creativecommons.org/licenses/cc-by-nc-sa es_ES
dc.subject cultivo de Jamaica (Hibiscus sabdariffa L.) es_ES
dc.subject diversidad genética es_ES
dc.subject fenograma es_ES
dc.subject cultivation of Jamaica (Hibiscus sabdariffa L.)   es_ES
dc.subject genetic diversity   es_ES
dc.subject phenogram es_ES
dc.subject.classification CIENCIAS AGROPECUARIAS Y BIOTECNOLOGÍA [6] es_ES
dc.title ANALISIS DE DIVERSIDAD GENETICA DE 64 VARIEDADES DE JAMAICA (HIBISCUS SABDARIFFA L.) MEDIANTE MARCADORES MOLECULARES es_ES
dc.type info:eu-repo/semantics/masterThesis es_ES


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